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基于网络药理学与分子动力学模拟探究白虎桂枝汤治疗类风湿关节炎的作用机制
作者: 徐朦
单位: 广西中医药大学第一附属医院

摘要

通过网络药理学、分子对接及分子动力学模拟研究“白虎桂枝汤”生物学作用及其与类风湿关节炎之间的相互作用机制。

(1)基于Herb、Pubchem、SwissADME、GeneCards等数据库,得出白虎桂枝汤、类风湿关节炎相关有效成分及靶点基因,将两者整合代入Venny及String数据库中得出PPI网络图,再将其代入Cytoscape计算得出核心成分;(2)通过David数据库对疾病-药物交集基因进行GO生物过程分析及 KEGG 通路富集分析;(3)通过Pubcham、RCSB数据库得出基因3D结构,在Autoduck中进行分子对接;(4)在Gromacs设置参数进行分子动力学模拟。

通过计算,得出核心基因共三个,分别为IL6、TNF、GAPDH;GO、KEGG富集分析结果为:白虎桂枝汤治疗类风湿关节炎的主要生物过程是:sphingosine-1-phosphate receptor signaling pathway、response to cytokine、epidermal growth factor receptor signaling pathway等;主要相关信号通路包括:cGMP-PKG signaling pathway、Insulin signaling pathway、Calcium signaling pathway等;分子对接结果显示药物有效成分与最终核心基因在自然条件下均能够完成对接,其中IL6与C10H9O4-结合能最高,为-4.06kcal/mol;分子动力学模拟结果显示IL6与C10H9O4-复合物可以完成良好的结合且较为稳定。

白虎桂枝汤与类风湿关节炎之间密切联系,白虎桂枝汤通过多靶点、多通过、多生物过程治疗类风湿关节炎。

关键词: 白虎桂枝汤;类风湿关节炎;网络药理学;分子对接;分子动力学模拟
来源:中华医学会第二十八次风湿病学学术会议