近年来，随着微生物组学研究的深入，真菌微生物组作为人体共生微生物的重要组成部分，在人体健康与疾病中的作用日益受到关注。人体内的共生微生物目前已被视为一个动态的“微生物器官”，参与机体的免疫调节、代谢调控和神经内分泌等过程，在宿主的生理和病理过程中发挥着重要作用。本文阐述了真菌微生物组与宿主的相互调控机制，并探讨了其在疾病中的潜在应用价值。在健康状态下，宿主通过固有免疫和适应性免疫过程维持真菌微生物组的平衡；同时，真菌的多种代谢产物参与调节宿主代谢、呼吸道屏障或影响细菌微生物组的组成，形成“真菌-细菌-宿主”三方互作网络。在免疫调节方面，真菌细胞壁成分与宿主模式识别受体通过相互作用激活免疫应答，影响炎症反应和自身免疫疾病。其次，真菌微生物组失调已被证实与多种肺部常见疾病（包括肺癌、肺纤维化、哮喘、慢性阻塞性肺疾病、肺部感染）密切相关。因此，基于真菌微生物组的调控机制，目前兴起了多种治疗策略：包括补充益生菌/益生元、抗真菌免疫疗法增强真菌清除、通过微生物移植进行疾病干预等。目前针对真菌微生物组的研究仍处于初期阶段，未来需结合多组学技术进一步解析其功能，对呼吸道疾病进行精准调控。将真菌微生物组视为新型“人体器官”，将为疾病防治和健康管理带来新的方案。