摘要
筛选并鉴定系统性红斑狼疮(SLE)中铜代谢相关关键基因并分析其功能。
将GEO数据库中SLE数据集GSE12374、GSE17755和GSE20864合并,进行加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异表达基因(DEGs)分析,得到2个与SLE相关基因集,将两者与数据库(GenegCards、MsigDB)中铜代谢相关基因(CMRGs)取交集得到关键基因。对关键基因进行GO和 KEGG通路富集分析;利用STRING数据库和Cytoscape构建PPI网络并确定枢纽基因。最后,利用数据集GSE50772验证枢纽基因表达并绘制ROC曲线。
WGCNA和DEGs分析筛选出245个SLE相关基因和261个DEGs。与3561个CMRGs绘制Venn图得到23个关键基因,富集分析显示其与抗原加工和提呈、病毒感染、PPAR和IFN-γ等功能及信号通路相关。PPI网络构建得到4个枢纽基因:HLA-A、B2M、OASL和TLR2;四者在SLE中表达均高于健康对照组。ROC曲线结果显示,4个枢纽基因的AUC值分别为 0.92、0.78、0.98和0.86,四者联合诊断 SLE的AUC值为0.99,在验证集GSE50772中亦证明具有较高诊断效能。
铜代谢相关基因HLA-A、B2M、OASL和TLR2可能成为SLE潜在的生物标志物以及治疗靶点。
