导读

医院获得性肺炎 (hospital-acquired pneumonia，HAP)是指至少在入院 48 h 后发生的肺炎，患者住院期间未接受有创机械通气、未处于病原感染的潜伏期，而于入院 48 h 后新发，是常见的医院获得性感染疾病。快速诊断病原体及其耐药情况，及时恰当使用抗感染药物对于HAP 患者的诊疗和康复至关重要。

而宏基因组二代测序技术 (metagenomics next generation sequencing, mNGS) 通过直接提取临床样本中的核酸进行文库构建和高通量测序，利用生物信息学算法分析样本中包含的病原微生物序列的种类及耐药基因和毒力基因，能够快速并且准确地检测各种临床样本中的病原微生物，显著提高病原检测的敏感性，大大缩短检测时间。但mNGS 应用于临床尚有诸多问题需要解决，如标本中人源污染影响低丰度微生物检出、生物信息学分析复杂、检测特异性略差、需专业人士进行结果解读等。

近期，《宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识》发布，旨在促进和规范 mNGS 在医院 HAP 诊疗中的合理应用，以下为共识意见汇总。

检测流程

共识1：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，最好采集支气管肺泡灌洗液或者气道抽吸物。

共识2：建议 HAP 患者如存在免疫功能低下、基础疾病严重或病情危重时，且在经济允许的情况下，进行微生物培养送检的同时开展 mNGS 检测。

共识3：在流感病毒、冠状病毒等 RNA 病毒流行期间，建议 HAP 患者开展宏基因组检测时，首选 DNA 和 RNA 检测项目。

共识4：建议HAP患者开展mNGS检测时，要求相关实验室测序数据量至少保证 10 M 以上。

共识5：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，临床检测报告中要体现内参和对照品的检测合格性。

共识6：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，检测结果要结合基础疾病史、临床其他检测结果综合考虑。

mNGS 报告解读

共识7：建议 HAP 患者开展mNGS 检测时，如检测到多种细菌时，需要考虑混合感染，同时结合临床表现综合考虑主要感染源。

共识8：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到毒力基因，需要重点考虑高毒力肺炎克雷伯菌，如检测到耐药基因，避免使用耐药基因对应的抗生素，但可以通过药敏试验对耐药基因进行验证。

共识9：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如患者为严重的粒细胞减少或严重的细胞免疫缺陷继发HAP 时，除重点关注一般细菌外，真菌、病毒和胞内菌等机会性感染也需重点关注。

共识10：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到嗜肺军团菌，需要考虑是否存在院内供水污染等情况。

共识11：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到支原体和衣原体，需要考虑是否存在院内污染。

共识12：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到常见的口腔定植菌，需要考虑是否存在机械通气和误吸等情况。

共识13：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如患者有持续性严重的免疫缺陷症如艾滋病、中性粒细胞减少症等，检测到真菌且针对用药无效时，需要结合流行病学情况等考虑真菌耐药的可能。

共识14：建议 HAP 患者开展 mNGS 检测时，如检测到常见的呼吸道相关病毒时，结合该病毒流行病学情况，同时关注患者是否存在流行病学接触史，参考血清 IgM 抗体和 IgG 抗体的情况综合考虑。

共识15：建议 HAP 患者开展 mNGS 时，如果检测结果为阴性，可以针对临床可疑的微生物进行 PCR 验证，同时阴性结果对于排除感染具有较好的阴性预测意义，但需要结合其他检测结果综合考虑。

以上内容来源：罗亮,陈仲清,陈尔真,等.宏基因组学测序技术在成人医院获得性肺炎中的临床应用专家共识[J].中国急救复苏与灾害医学杂志,2023,18(05):561-568.

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