2025年1月，中日友好医院曹彬教授团队在《International Journal of Antimicrobial Agents》上发表了题为“Metagenomic next-generation sequencing on treatment strategies and prognosis of patients with lower respiratory tract infections: A systematic review and meta-analysis”的研究成果。

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这项综述和meta分析全面评估了宏基因组二代测序（mNGS）对下呼吸道感染患者治疗及预后的影响。研究结果表明，mNGS的应用改变了下呼吸道感染患者的抗感染诊疗方案，并显示出潜在的降低患者死亡风险的临床价值。这一发现为mNGS在下呼吸道感染诊疗中的应用提供了有力的循证医学依据，但仍需大规模随机对照临床试验对mNGS的临床影响进行验证。

▼ 研究背景：

下呼吸道感染作为全球第四大死因，每年造成数百万人死亡，构成重大公共卫生负担。临床实践表明，快速、准确地识别感染病原体是实现精准抗感染治疗和改善患者预后的关键。

宏基因组二代测序（mNGS）作为一种新兴的病原检测方法，凭借其检测周期短、覆盖病原谱广等技术优势，显著提升了下呼吸道感染的病原诊断效能。然而，关于mNGS是否能够改变临床决策路径并最终影响患者预后，当前仍存在较大争议。

针对这一科学问题，研究团队开展了mNGS在下呼吸道感染中的临床应用价值的荟萃分析，旨在通过循证医学方法，全面评估mNGS的应用是否能为患者带来显著的临床获益。

▼ 研究设计：

以mNGS和下呼吸道感染为关键词，系统检索MEDLINE/PubMed、Embase和CENTRAL数据库，检索时限为建库以来至2024年2月。文献纳入标准包括：1）探究mNGS应用和下呼吸道感染患者治抗感染策略和/或临床预后的关系；2）须设有未应用mNGS的对照组；3）研究类型为RCT研究、病例对照研究或队列研究。除外样本量≤10例的研究以及仅针对单一或特定类别病原体的研究。主要终点为抗生素调整率、住院时间和住院死亡率。

▼ 研究发现：

经过系统筛选，从4964项相关研究中最终纳入12项符合标准的研究进行系统综述和meta分析。纳入研究包括3项随机对照研究、8项队列研究和1项巢式病例对照研究。

图1. 研究流程图

mNGS 与抗生素调整：6项研究报告了mNGS组和对照组的抗生素调整率。Meta分析显示，mNGS的应用显著提高了抗生素调整率（OR, 2.47; 95% CI, 1.42–4.28; P < 0.01; I² = 80%）（图2A）。

mNGS 与住院死亡率：6项研究评估了住院死亡率结局，汇总分析显示，mNGS的应用降低了院内死亡风险（OR, 0.49; 95% CI, 0.36–0.67; P < 0.01; I² =0）（图2B）。

mNGS 与住院时间：7项研究比较了mNGS组和对照组的住院时间，发现mNGS的应用对住院时间无显著影响（MD, -1.79; 95% CI, -5.20-1.63; P = 0.31; I²= 83%）（图2C）。

亚组分析和meta回归提示测序平台可能是抗生素调整率和住院时间的异质性来源之一。值得注意的是，在重症下呼吸道感染亚组中，上述主要终点结果保持一致。

图2. mNGS对下呼吸道感染患者抗生素调整、住院死亡以及住院时长影响的森林图

mNGS的应用对抗生素升阶梯率和降阶梯率、机械通气时间、ICU住院时间以及90天死亡率无显著影响。然而，mNGS的应用可能降低了30天内死亡率（OR, 0.57; 95% CI, 0.33–0.98; P= 0.04）。

▼ 结论

mNGS的应用改变了下呼吸道感染患者的抗感染策略，并可能改善患者预后。基于现有证据，在确保检测效益显著高于成本的前提下，mNGS可作为下呼吸道感染病原诊断的重要辅助工具之一，为临床决策提供有价值的参考依据，但仍需高质量前瞻性研究进一步评估其临床疗效。

作者简介

曹彬

主任医师/教授，博士生导师；中日友好医院副院长，呼吸与危重症医学科主任，国家呼吸医学中心副主任，中国医学科学院呼吸病学研究院副院长。教育部长江学者特聘教授、国家杰出青年科学基金获得者、国家科技创新领军人才、首届新基石研究员。受邀担任WHO新冠蓝图计划专家成员，WHO流感临床研究报告组长。现任中华医学会呼吸病学分会候任主任委员、中国医学科学院学术咨询委员会学部委员、中国抗癌协会第一届肿瘤呼吸病学专业委员会主任委员、国际流感和呼吸道病毒感染学会(ISIRV)抗病毒小组(AVG)委员、CMJ-PCCM副主编。

闫梦薇

首都医科大学博士研究生，导师为曹彬教授。

王业明

医学博士，中日友好医院呼吸与危重症医学科专培医师，国家呼吸医学中心青委会主任委员，呼吸中心研究型病房副主任，首都医科大学博士研究生导师；入选国家高层次人才特殊支持计划青年项目、北京市科技新星；主持国自然和科技部等课题10项；以第一或通讯（含共同）发表SCI论著30余篇，NEJM(2篇)、Lancet (4篇)， AJRCCM，CHEST等总他引超过2万次，入选《全球前2%顶尖科学家榜单》；荣获全国卫生健康系统新冠肺炎疫情防控工作先进个人、第三届全国创新争先奖牌（团体）等奖项。