益生菌的健康效应因具有菌株特异性，故菌株水平的精准鉴定是科学研究和产业规范发展的核心前提。本文梳理了国内外标准法规与监管要求，在明确益生菌的分类学原则及属、种、株定义的基础上，系统阐述从表型、分子分型到基于全基因组测序（WGS）的分层级鉴定技术路径。WGS可提供高分辨率的基因组信息，已成为国际公认的菌株鉴定“金标准”，其中平均核苷酸一致性（ANI）分析、核心基因组多位点序列分型（cgMLST）和单核苷酸多态性（SNP）分析是实现精准鉴定的关键技术手段。鉴于不同菌种在进化速率和基因组稳定性上存在差异，菌株一致性判定应建立种属差异化的SNP阈值体系，并结合插入缺失（InDel）特征进行综合评估。未来，益生菌菌株鉴定技术将向“场景适配”的多元化体系发展，以WGS数据构建菌株“分子身份证”，并融合人工智能等前沿技术，为益生菌行业的科学监管与产业创新提供坚实支撑。

益生菌的健康效应因具有菌株特异性，故菌株水平的精准鉴定是科学研究和产业规范发展的核心前提。本文梳理了国内外标准法规与监管要求，在明确益生菌的分类学原则及属、种、株定义的基础上，系统阐述从表型、分子分型到基于全基因组测序（WGS）的分层级鉴定技术路径。WGS可提供高分辨率的基因组信息，已成为国际公认的菌株鉴定“金标准”，其中平均核苷酸一致性（ANI）分析、核心基因组多位点序列分型（cgMLST）和单核苷酸多态性（SNP）分析是实现精准鉴定的关键技术手段。鉴于不同菌种在进化速率和基因组稳定性上存在差异，菌株一致性判定应建立种属差异化的SNP阈值体系，并结合插入缺失（InDel）特征进行综合评估。未来，益生菌菌株鉴定技术将向“场景适配”的多元化体系发展，以WGS数据构建菌株“分子身份证”，并融合人工智能等前沿技术，为益生菌行业的科学监管与产业创新提供坚实支撑。